战争爆发
这场战争历时三年，起始于22BBY（BBY是BeforetheBattleofYavin的缩写，时间单位，比如雅汶战役前32年记作32BBY）的吉奥诺西斯战役。银河共和国末期，由于政府腐败无能，众多星系开始有组织地脱离共和国，成立独立星系邦联。面对越来越紧张的形势，共和国动用了一支庞大的克隆人军队，在吉奥诺西斯星球先发制人地对分离主义军队实施军事打击。这次战役共和国获胜。
混乱的三年
吉奥诺西斯战役之后的三年内，战火燃遍银河系的各个角落。绝地武士纷纷被授予将军之职，领导共和国军队在各地的军事行动。最高议长帕尔帕庭被授予更大的权力，并成为共和国大军的最高统帅。
科洛桑战役，19BBY
编辑本段尾声
这场星际战争结束于19BBY。这一年中，分离主义军队先后失去了政治领袖杜库伯爵，和军事领袖格里弗斯将军，虽然各地的驻军发动了一些大规模进攻，但是这些攻势大多在克隆人军队的反击下渐渐瓦解。战争接近尾声时，银河共和国最高议长帕尔帕廷发布密令，让克隆人部队剿灭分散在各地的绝地武士将领。在这次大清洗之后，帕尔帕廷宣布将共和国重组为银河系第一帝国（银河帝国），并命令徒弟达斯·维德前往分离主义势力的据点，杀死了所有分离主义势力的首脑人物，关闭了分离主义军队驻扎在各地的军队。
由于共和国在这次战争中使用了大量克隆人士兵，且赢得了最终胜利，故这次大规模星际战争被称为“克隆人战争”。